FSFE ha recibido el informe de cumplimento de los resultados de su herramienta de autorregulación de transparencia y buen gobierno del año 2018 de la Coordinadora de ONGD en el que se notifica a la ONG haber superado los 10 bloques de evaluación de estos aspectos, cumpliendo así con su compromiso ante su base social, donantes, colaboradores y la sociedad en general y la consiguiente certificación de la Coordinadora.
Desde 2006, el director de FSFE, Ángel Huélamo, ha participado activamente en el diseño de la herramienta de autorregulación de las entidades no lucrativas a través de la identificación de una serie de parámetros que el conjunto del sector ha calificado como «buenas prácticas». Desde entonces, la ONG se somete cada dos años a una auditoría externa como ejercicio público de rendición de cuentas. Según Huélamo «se trata de un instrumento enfocado a la mejora constante de las organizaciones sin ánimo de lucro en particular, y del Tercer Sector en general. Este aspecto debe estar en el ADN de cualquier organización de este tipo».